表達序列標簽
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EST(Expressed Sequence Tag)表達序列標簽
原理：
EST是從一個隨機選擇的cDNA 克隆進行5’端和3’端單一次測序獲得的短的cDNA 部分序列,代表一個完整基因的一小部分,在數(shù)據(jù)庫中其長度一般從20 到7000bp 不等,平均長度為360 ±120bp 。EST 來源于一定環(huán)境下一個組織總mRNA 所構(gòu)建的cDNA 文庫,因此EST也能說明該組織中各基因的表達水平。
技術(shù)路線：
首先從樣品組織中提取mRNA ,在逆轉(zhuǎn)錄酶的作用下用oligo ( dT) 作為引物進行RT -PCR 合成cDNA ,再選擇合適的載體構(gòu)建cDNA 文庫,對各菌株加以整理,將每一個菌株的插入片段根據(jù)載體多克隆位點設(shè)計引物進行兩端一次性自動化測序,這就是EST 序列的產(chǎn)生過程。
應(yīng)用：
EST作為表達基因所在區(qū)域的分子標簽因編碼DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性質(zhì),與來自非表達序列的標記(如AFLP、RAPD、SSR 等) 相比更可能穿越家系與種的限制,因此EST標記在親緣關(guān)系較遠的物種間比較基因組連鎖圖和比較質(zhì)量性狀信息是特別有用。同樣,對于一個DNA 序列缺乏的目標物種,來源于其他物種的EST也能用于該物種有益基因的遺傳作圖,加速物種間相關(guān)信息的迅速轉(zhuǎn)化。具體說,EST的作用表現(xiàn)在: (1) 用于構(gòu)建基因組的遺傳圖譜與物理圖譜; (2) 作為探針用于放射性雜交; (3) 用于定位克隆; (4) 借以尋找新的基因; (5) 作為分子標記; (6) 用于研究生物群體多態(tài)性; (7) 用于研究基因的功能; (8) 有助于藥物的開發(fā)、品種的改良; (9) 促進基因芯片的發(fā)展等方面。正是因為EST 表現(xiàn)出了這些巨大潛能,使其得到了充分的利用與發(fā)展。
在人類基因組研究中，有一個區(qū)別于“全基因組戰(zhàn)略”的“cDNA戰(zhàn)略”，既只測定轉(zhuǎn)錄的DNA序列，也就是測定基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物mRNA反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的互補DNA---cDNA.cDNA代表了基因中編碼蛋白質(zhì)的序列。EST則是cDNA的一個片段，一般長200-400個核苷酸對。一個全長的cDNA分子可以有許多個EST，但特定的EST有時可以代表某個特定的cDNA分子。兩端有重疊的共有序列的EST可以組裝成一個疊連群(contig),直到裝配成全長的cDNA序列，這樣就等于是克隆了一個基因的編碼序列。將EST定位在基因組，也可作為基因組作圖時的一種標記序列。
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